| Band | Inhalt | Herausgeber | Noten | KB |
| 1 | Orgelbüchlein, Sechs Choräle von verschiedener Art (Schübler-Choräle), Choralpartiten: BWV 599–644, 645–650, 766–768, 770 | Heinz-Harald Löhlein | 1983 | 1987 |
| 2 | Die Orgelchoräle aus der Leipziger Originalhandschrift: BWV 651–667, 769a, 668; 651a–656a, 658a–667b, 769, 668a | Hans Klotz | 1958 | 1957 |
| 3 | Die einzeln überlieferten Orgelchoräle: BWV 714, 741, 717, 711, 715, 718, 695, 696, 720, 721, 722a, 722, 697, 724, 703, 698, 725, 709, 726, 727, 712, 729a, 729, 713, 728, 706, 730, 731, 704, 732a, 732, 733, 734, 699, "O LammGottes, unschuldig" BWVdeest, 735, 735a, 736, 737, 700, 738a, 738, 701, 691, 690, 710, 694 | Hans Klotz | 1961 | 1962 |
| 4 | Dritter Teil der Klavierübung: BWV 552/1, 669–689, 802–805, 552/2 | Manfred Teßmer | 1969 | 1974 |
| 5 | Präludien, Toccaten, Fantasien und Fugen I: BWV 531, 545, 547, 549, 546, 537, 562, 532, 539, 538, 533, 548, 540, 534, 550, 541, 535, 542, 536, 543, 544 | Dietrich Kilian | 1972 | I-1978
II-1979 III-1979 |
| 6 | Präludien, Toccaten, Fantasien und Fugen II, Frühfassungen und Varianten zu I und II: BWV 564, 570, 573–575, 565, 566, 568, 578, 569, 551, 563, 579, 545a, 574a–b, 532a, 549a, 533a, 535a, 536a, 543a | Dietrich Kilian | 1964 | (s. oben) |
| 7 | Sechs Sonaten und verschiedene Einzelwerke: BWV 525–530, 583, 582, 589, 588, 590, 572; Frühfassungen und Varianten zu BWV 527/1,528/2, 582, 588, 572/1, 572/2 | Dietrich Kilian | 1984 | 1988 |
| 8 | Bearbeitungen fremder Werke: BWV 585–587, 592–596 | Karl Heller | 1979 | 1980 |
| 9 | Orgelchoräle der Neumeister-Sammlung: BWV 714, 719, 737, 742, 957, 1090-1020 | Christoph Wolff | 2003 | 2003 |
| 10.1-2 | Orgelchoräle aus unterschiedlicher Überlieferung (Inhalt ist noch festzulegen) | Reinmar Emans | [2008] | [2008] |
| 11 | Freie Orgelwerke und Choralpartiten aus unterschiedlicher Überlieferung: BWV 131a, 545b, 561, 571, 577, 591, 598, Anh. 205, Anh. 42, Anh. 90, Anh. 97; BWV 758, Anh. 77, Anh. 78. | Ulrich Bartels, Peter Wollny | 2003 | 2003 |
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